Japoncanın kökeni, hangi dil ailesine ait olduğu ile ilgili çeşitli savlar ortaya atılmıştır. Ancak bu savlardan hiçbirisi tam olarak kanıtlanamamış ve kabul görmemiştir. Dolayısıyla, Japoncanın kökeni üzerine henüz kesin bir kanıya varılamamıştır.
Hattori (1955), Japoncanın çeşitli dil aileleri ile benzer özelliğe sahip olduğunu belirtir. Dilbilim araştırmacılarının bu konuda farklı görüşleri dikkat çekmektedir. Miller (1980), orjinal Altay dilinin Hazar denizinin ötesinde (transcaspian) step bölgede konuşulduğunu ve bu dili konuşanların M.Ö. 2000 yıllarından önce büyük topluluklar halinde göç ederek, batıda Türkiye, doğuda Japonya olmak üzere geniş alanlara yayıldığını belirtir. Menges (1986), Japonca ve Altay dil ailesinin ilişkisinin sözdizimsel benzerlik ile başladığını, ancak bu benzerliğin sadece Altay dil ailesi ile sınırlı olmadığını, Dravida dili ile de aynı benzerliğin var olduğunu belirtir. Japonca ile Altay dil ailesi arasında dikkati çeken bir diğer özellik ise yapısal benzerliktir.
Ono (1957), Japoncanın Güney Hindistan, Dravida dili (özellikle Tamilce) ile aynı dil ailesine ait olduğunu savunan bir sav ortaya atmıştır.
Aston (1879), Japonca ile Korece arasındaki benzerliğe dikkati çeken ilk bilimadamı olmuştur.Japonca ile Korece arasında sözdizimi ve diğer dilbilgisel benzerlikler, saygı dili ve bir grup sözcüğün anlamsal benzerliği gibi noktalarda örtüşen özelliklerden söz edilmektedir.
Bu savların dışında Japonca ile Güney Asya dilleri; Malay, Polonez ve Tibet, Birma dilleri arasında bağlantı kuran, Japoncanın Güney Asya ve Kuzey Asya (Korece vs.) dillerinin etkileşimi ile ortaya çıktığını savunan savlar da ortaya atılmıştır. Murayama (1978), Japoncayı Altay dilleri ve Güneyadaları (Austronesia) dillerinin karışımı olarak tanımlamıştır. Bu savların dışında son zamanlarda Japonca ve Ainuca arasında karşılaştırmalı çalışmalar yapılmaktadır.
Japoncanın Japon adalarında ne zamandan beri konuşulduğu da henüz bilinmemektedir. 3. yüzyılda yazılan Gishi Wajinden adlı eserdeki yer adlarından o zamanlarda Japonca ya da kök Japonca konuşulduğunu anlamaktayız.
Japoncanın dil yapısını, tarihsel gelişimini ancak 8. yüzyıldan sonraki yazılı metinlerden takip edebilmekteyiz. Kojiki, Nihonshoki, Manyoshu 8 yüzyıl Japoncası hakkında bilgi edindiğimiz eserlerden bir kaçıdır. Bu eserlerdeki Japonca, günümüz Japoncasından oldukça farklıdır.